Экипаж самолета Ту-104А №42459 207 авиаотряда МУТА ГВФ под командованием заместителя командира отряда по летной службе выполнял рейс Дели – Ташкент – Москва. На борту находилось 57 пассажиров и 9 членов экипажа. В 10:23 самолет вырулил на ВПП с МК=76° и экипаж запросил разрешения на взлет. Диспетчер СКП дал такое разрешение. В то же время по рулежной дорожке №2, которая подходит к ВПП в 1250 м от ее начала, выруливал для взлета самолет Як-12, на котором пилот 161 авиаотряда Узбекского ТУ ГВФ должен был выполнить санзадание. На борту самолета находился врач санавиации. Разрешение рулить к ВПП по РД №2 пилоту Як-12 было дано диспетчером КДП. Дав разрешение на взлет самолету Ту-104, диспетчер СКП увидел подруливший к ВПП самолет Як-12 и начал запрашивать: «Какой борт на второй РД?», «Какой маленький на второй РД?». Пилот Як-12 ответил: «90616». Таким образом, диспетчер СКП, занявшись установкой связи и переговорами с пилотом самолета Як-12, отвлекся от наблюдения и руководства выпуском самолета Ту-104, который в это время начал производить взлет. Получив ответ от пилота Як-12, диспетчер СКП, как это подтверждается записью магнитофонной пленки, дал невнятную команду: «Продолжайте…», «На исполнительный». В тот момент, когда самолет Як-12 занял на ВПП исполнительный старт, производящий взлет Ту-104, находясь во второй половине разбега, ударил левой плоскостью по самолету Як-12, который загорелся и почти полностью сгорел. Ударом крыла пассажир-врач был убит, а пилот от полученных ожогов на второй день после авиационного происшествия умер в больнице. Самолет Ту-104 потерпел поломку.
    Как установлено расследованием, руководство вылетом самолетов диспетчером СКП производилось в присутствии и.о. зам. начальника а/п Ташкент по движению, который выполнял обязанности руководителя полетов. Несмотря на явно неправильные команды диспетчера СКП, разрешающие самолету Ту-104 взлетать, а самолету Як-12 занять исполнительный старт, руководитель полетов не вмешался в управление и не запретил взлет самолету Ту-104. Сам руководитель полетов за движением самолетов не следил и увидел их сближение только непосредственно перед столкновением. Со стороны экипажей самолетов была проявлена невнимательность и плохая осмотрительность перед взлетом и при подготовке к взлету.