Рейс следовал с опозданием на 1 час из-за устранения перед вылетом из Калининграда проблемы с закрылками. Перед вылетом и в процессе предыдущего рейса в Барселону замечаний по работе системы управления закрылками экипажем и наземным персоналом выявлено не было. Заход на посадку в а/п Калининград выполнялся ночью, в ливневых осадках, при порывистом боковом ветре, на мокрую ВПП. Из-за вновь возникшего отказа датчика положения левых закрылков экипажу пришлось производить посадку с закрылками в положении 2°. Для проверки положения закрылок и уточнения рассчёта экипажем посадочной скорости самолёт в первый раз совершил контрольный проход над полосой и затем, убрав шасси, зашёл на посадку во второй раз. В процессе повторного захода, при спешном выполнении контрольной карты, второй пилот, не вникая в дальнейшее изложение текста и в особенности фактической компоновки тумблеров на самолете, выключил сигнализацию закрылков и шасси, переведя тумблеры FLAP IN-HIBIT и GEAR INHIBIT в положении INHIBIT (положение блокировки голосовой сигнализации GPWS). Эти действия привели к тому, что при снижении с убранным шасси и закрылками в положении 2°, система GPWS не сработала и не выдала голосовой предупреждающей сигнализации. За 5 минут до посадки вторым пилотом было закончено выполнение карты контрольных проверок до раздела «LANDING CHECKLIST», предполагая выполнить его позже. В дальнейшем, данный раздел («Проверки перед посадкой», куда входил пункт по шасси) экипажем так и не был выполнен. В процессе снижения двукратно срабатывала звуковая сигнализация Landing Gear Warning Horn, которая после этого машинально отключалась экипажем под влиянием действий в аэропортах, где схемы предусматривают поздний выпуск шасси. В процессе снижения по глиссаде последовал доклад второго пилота: «Five hundred final flaps thirty cleared to land», который свидетельствовал об отсутствии со стороны экипажа контроля за положением закрылков в данный момент (которые находились не в положении 30°, а в положении 2°) и формальном отношении к выполнению требований «Технологии работы экипажа самолета Боинг-737-300». Непосредственно перед касанием ВПП, в процессе перевода РУД в положение малого газа, произошло очередное срабатывание сигнализации Landing Gear Warning Horn, которая звучала более 20 секунд и не была отключена экипажем, не обращавшим на неё внимания.
   
    Самолет коснулся ИВПП №24 на удалении 340 м от торца с невыпущенными шасси на скорости 293 км/ч (158 узлов), с углом тангажа на кабрирование 7° с вертикальной перегрузкой в 1,22 единицы. Через 3 секунды после касания были выпущены тормозные спойлеры и РУДы переведены в положение реверса двигателей. Из-за повреждения двигателей реверс не сработал. В процессе движения по полосе произошло повреждение мотогондол двигателей, а также носовой части. Пожара не возникло из-за влажной полосы и оперативных действий по охлаждению двигателей прибывшими пожарными подразделениями аэропорта. Окончательная остановка произошла через 1440 метров после точки первого касания.
   
    В процессе пробега по ВПП экипаж не понял, что шасси находятся в убранном положении и выполнял все действия в штатном режиме до прекращения движения самолета, после чего заявил по радиосвязи диспетчеру, что самолёт сам сможет зарулить на стоянку. После остановки пассажиры и экипаж были благополучно эвакуированы по штатному трапу. Самолет получил значительные повреждения планера и силовых установок и впоследствии был признан не подлежащим восстановлению.